Il 20 ottobre 1848 il Circolo felsineo costituì una commissione incaricata di raccogliere offerte in denaro per il soccorso a Venezia, assediata dagli austriaci fin dal maggio precedente. La stessa iniziativa fu adottata dal comando della Guardia civica (80).
Depositario della commissione fu nominato Giovanni Malvezzi de’ Medici, mentre la carica di segretario fu ricoperta da Filippo Bianconcini. A presiedere la commissione fu naturalmente il Pepoli, che, sempre a vantaggio della repubblica di San Marco, la sera del 16 ottobre fece rappresentare al Teatro del Corso un suo dramma dal titolo Lucia da Treviglio, presentato dalla Compagnia Etrusca, grazie al quale raccolse ottanta scudi (81). E il presidente Daniele Manin (82) non mancò di far pervenire gli attestati della propria riconoscenza (83-84).
Assediata, infine, dalle truppe austriache del feldmaresciallo Franz Emil Lorenz von Wimpffen a partite dall’8 maggio 1849, Bologna, dopo estenuanti trattative, frammiste a sporadici tentativi di resistenza, capitolò il 16 successivo (85-86). Alle prime fasi dei negoziati prese parte anche il Pepoli (87), invitato da Antonio Alessandrini, presidente della Commissione governativa municipale (88-89). Questi era stato chiamato dal capo della rappresentanza municipale, senatore Antonio Zanolini, il quale, dopo le proteste formali e le dimissioni del preside Biancoli, l’8 maggio aveva assunto la guida della città e della provincia, nominando il giorno dopo la Commissione presieduta da Alessandrini.

Dopo Bologna, anche Roma dovette cedere all’assedio. Le truppe francesi entrarono in città il 5 luglio 1849. Non vi trovarono però il principale campione della Repubblica, il generale Garibaldi, che già da qualche giorno si era allontanato alla testa di circa quattro mila volontari allo scopo di portare l’insurrezione nelle province e tentare di raggiungere la repubblica sorella, Venezia. Durante la marcia al confine tra Toscana e Romagna, il generale fu braccato da francesi e austriaci. Il governatore Gorzkowskj impose il divieto di procurare aiuto ai ribelli fuggiti da Roma (90). Se Garibaldi, aiutato da numerosi patrioti, riuscì a raggiungere la Toscana e a imbarcarsi, stessa sorte non toccò al padre barnabita Ugo Bassi, che fu catturato a Comacchio e fucilato con Giovanni Livraghi a Bologna l’8 agosto 1849, primo anniversario della battaglia della Montagnola (91).

La resistenza bolognese (92) e le gesta dei difensori della Repubblica romana (93) hanno nel tempo trovato ampio spazio in numerose pubblicazioni scientifiche e commemorative.

L’indomani della resa, Pepoli partì in esilio volontario con tutta la sua famiglia per la Toscana, dove trovò ospitalità a Pistoia nella villa del mecenate Niccolò Puccini, «col quale strinse vincoli di schietta e intensa amicizia». Nell’ozio forzoso cui l’aveva costretto la Restaurazione, il marchese tornò a occuparsi dei suoi prediletti studi drammatici; lì compose il suo capolavoro, Elisabetta Sirani pittrice bolognese. Dramma in tre atti (94), senza però perdere del tutto i contatti con gli amici bolognesi, che lo tennero costantemente aggiornato sulle vicende politiche del tempo (95).

Documenti
80. Ordine del giorno del comandante Agucchi alla Guardia civica per la raccolta di aiuti a Venezia, 19 nov. 1848 (stampe governative)
81. “Rendiconto della Commissione incaricata delle esigenze pel soccorso a Venezia”, Bologna, 24 gen. 1849 (G. N. Pepoli, Carte politiche, 1848, 4. Raccolta per la difesa di Venezia)
82. Ritratto di Daniele Manin (BCA, collezione dei ritratti, A/36, cart. 20, n. 2)
83. Daniele Manin al Comitato per i soccorsi a Venezia in Bologna, Venezia, 29 dic. 1848 (G. N. Pepoli, Carteggio, Uomini politici, 75. Manin Daniele)
84. Daniele Manin alla Società del Casino in Bologna, Venezia, 24 feb. 1849 (G. N. Pepoli, Carteggio, Uomini politici, 75. Manin Daniele)
85. Proclama della resa di Bologna agli austriaci, 16 mag. 1849 (stampe governative)
86. «Gazzetta di Bologna», 18 mag. 1849
87. Antonio Alessandrini a Gioacchino Napoleone Pepoli, s.l., 11 mag. 1849 (G. N. Pepoli, Carteggio, Scienziati, 1. Alessandrini Antonio)
88. Ritratto di Antonio Alessandrini, BCA, collezione dei ritratti, A/2, cart. 27, n. 3
89. Della vita e delle opere del celebre professore cavaliere Antonio Alessandrini commentario. Letto alla Società medico-chirurgica di Bologna il giorno 25 maggio 1862 dal cavaliere dottor Paolo Predieri socio residente, Bologna, Regia tipografia, 1862
90. Notificazione del governatore Gorzkowskj sul divieto di dare aiuto alle truppe garibaldine in fuga da Roma, 5 ago. 1849 (stampe governative)
91. «Gazzetta di Bologna», 8 ago. 1849
92. La resistenza di Bologna contro le truppe austriache nelle otto giornate di maggio 1849. Notizie e documenti raccolti e pubblicati da Domenico Brasini, Bologna, Tipografia Fava e Garagnani, 1885
93. N. Morini, L’arresto di Ugo Bassi e Giovanni Livraghi. Nei documenti dell’Archivio di Stato di Bologna, Bologna, Tipografia A. Brunelli, 1928
94. G. N. Pepoli, Elisabetta Sirani pittrice bolognese. Dramma in tre atti, Firenze, Libreria teatrale di Angiolo Romei, 1851
95. Giovanni Marchetti a Gioacchino Napoleone Pepoli, Bologna, 13 nov. 1849 (G. N. Pepoli, Carteggio, Amici, 18. Marchetti Giovanni)