Si riconosce tradizionalmente nel diploma di Enrico V dell'anno 1116 - diploma con cui inizia il "Registro
grosso", il primo cartulario del comune - l'atto di fondazione del comune di Bologna ed, almeno
indicativamente, sembra questa una data accettabile, in quanto negli anni immediatamente successivi non mancarono testimonianze dell'agire in campo pubblico di rappresentanti comunali e dell'esistenza di una assemblea. La struttura primitiva dell'organizzazione cittadina, come nelle altre città centro-settentrionali, appare articolata in due corpi collegiali, uno più ampio - l'assemblea - con poteri deliberativi ed uno più ristretto - i consoli - con funzioni esecutive, militari e di giurisdizione, se pure solo civile.
La sostituzione di un magistrato unico al collegio dei consoli è documentata per la prima volta nel 1151,
quando la reggenza della città fu affidata al reggiano Guido da Sasso, rector et potestas, assistito da una curia di funzionari e da un consilium sapientum. La presenza tra questi ultimi dei quattro dottori dello Studio prefigurava quella che sarebbe stata una delle caratteristiche fondamentali della vita pubblica bolognese: l'intima compartecipazione tra l'organismo politico comunale e lo Studio cittadino.
Nel periodo successivo si alternarono nel governo della città magistrati singoli (podestà di nomina
imperiale) e corpi collegiali (consoli cittadini), assistiti da un consiglio di giudici e "treguani", finché col 1191 comparvero stabilmente podestà forestieri.
L'incremento demografico, il forte sviluppo economico ed il rapido mutamento operatosi nell'ambiente
sociale nella prima metà del sec. XIII misero prima in crisi l'organizzazione aristocratica del comune
incentrata sulla figura del podestà - il cui campo di effettivo intervento venne ben presto limitato dal sorgere di nuove magistrature cittadine, all'esercizio dell'attività giurisdizionale - e provocarono quindi la nascita di una nuova struttura organizzativa fondata sulle società d'arti e d'armi e rappresentata al vertice dall'istituto del capitano del popolo, mentre l'effettivo governo della cosa pubblica si raccolse nelle mani dei capi delle arti, gli anziani. Si tratta ovviamente di un processo evolutivo per il quale risulta arbitrario fissare date precise, anche perché gli istituti della primitiva organizzazione comunale vennero in fasi successive adattati alla mutata situazione politica.
Fondamentali nelle vicende del comune bolognese furono gli avvenimenti degli ultimi decenni del sec. XIII. Le lotte tra i guelfi (Geremei) ed i ghibellini (Lambertazzi) che avevano a lungo agitato l'ambiente cittadino ebbero una svolta pressoché definitiva nel 1274 quando in appoggio ai Geremei scesero in campo le società d'arti e d'armi ed i Lambertazzi vennero cacciati dalla città. Gli "ordinamenti sacrati" e "sacratissimi" degli anni 1282-84 tradussero sul piano legislativo la avvenuta conquista del potere da parte delle società popolari e sancirono contemporaneamente il connubio tra queste e la parte guelfa. Peraltro a modificare il quadro politico in cui agiva il comune bolognese intervenne nel 1278 un accordo tra l'imperatore Rodolfo d'Asburgo ed il papa Nicolò III, a seguito del quale Bologna e la Romagna furono riconosciute immediatamente soggette alla Santa Sede. Questo passaggio dalla lontana sovranità imperiale alla più vicina ed interessata sovranità pontificia valse a limitare ogni possibilità di espansione bolognese e la stessa autonomia di governo della città.
Tra la fine del sec. XIII e l'inizio del XIV Bologna prese parte con alterna fortuna alle lotte che ebbero per teatro la Romagna, l'Emilia e la Toscana. Nel 1327, approfittando di un momento di crisi particolarmente acuto sia sul piano militare sia relativamente agli istituti cittadini, il legato pontificio Bertrando del Poggetto ottenne che il consiglio del popolo gli conferisse la signoria sulla città. Il suo governo, ben presto caratterizzatosi in senso fortemente autoritario, durò fino al 1334 quando una rivolta costrinse il legato ad abbandonare la città. Il recupero dell'autonomia comunale fu molto breve. Nel 1337 Taddeo Pepoli venne acclamato signore. Egli resse la città fino alla morte avvenuta nel settembre 1347. Gli subentrarono i figli Giacomo e Giovanni, i quali nel 1350 cedettero il potere da essi detenuto all'arcivescovo Giovanni Visconti di Milano. Per un venticinquennio si succedettero al governo della città i Visconti e i legati pontifici, finché nel marzo 1376 una rivolta, ispirata da Firenze, cacciò il legato pontificio e ripristinò le antiche strutture dell'autonomo governo comunale. Si aprì così il periodo che venne chiamato della "Signoria del popolo e delle arti" e che si protrasse fino al termine del sec. XIV.
Con l'inizio del 1400 si ebbero nuovi tentativi da parte di diversi (i Bentivoglio - Giovanni, poi Anton Galeazzo, quindi Annibale - i Visconti, i Canetoli) di instaurare il proprio predominio sulla città; tentativi che resero a lungo incerta la situazione politica bolognese, finché nel 1443 Annibale Bentivoglio risolse a proprio favore lo scontro con i suoi vari oppositori. Egli riuscì quindi, pur con il rispetto formale delle prerogative degli organi di governo della città, ad esserne praticamente il signore. E l'esercizio del potere di governo, attuato soprattutto attraverso il nuovo collegio dei riformatori dello Stato di libertà, si fissò stabilmente nelle mani dei membri della famiglia Bentivoglio, prima Annibale fino al 1446, indi Sante dal 1446 al 1463 ed infine Giovanni II. La conclusione nel 1447 di un accordo col papa, i "capitoli di Nicolò V" che regoleranno i rapporti tra Bologna e la Santa Sede fino al 1796, una accorta posizione di equilibrio tra i vari Stati italiani ed all'interno una politica di pacificazione tra le fazioni e di incentivi allo sviluppo economico parvero assicurare una generale acquiescenza al dominio dei vari Bentivoglio, tal che, pur in assenza di una precisa legittimazione formale, essi furono effettivamente i signori della città.
Verso la fine del sec. XV la posizione dei Bentivoglio prese tuttavia ad indebolirsi, poiché venne loro
progressivamente a mancare sia l'appoggio dell'aristocrazia cittadina, per la spietata reazione dei
Bentivoglio al manifestarsi di fermenti di opposizione, sia il favore popolare per una sempre più accentuata fiscalità. Unico sostegno sembrò essere la protezione del re Luigi XII, signore del Milanese, ma essa non poté impedire la conquista della città nel novembre 1506 da parte di Giulio II. I Bentivoglio abbandonarono quindi Bologna. Un estremo tentativo di riprenderne il dominio, attuato nel maggio 1511, si concluse nel giugno dell'anno successivo con la loro definitiva cacciata dalla città. Bologna entrava così stabilmente a far parte, pur con le prerogative ed i privilegi riconosciutile dai "capitoli di Nicolò V", dello Stato della Chiesa (da Guida generale degli Archivi di Stato italiani, vol. I, Roma 1981, pp. 565-566).

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L'esistenza di un deposito generale delle scritture del comune presso la massaria -documentata fin dal 1217- e l'incarico attribuito ad un notaio del podestà di rilasciare copie degli atti ivi conservati a tutti i richiedenti, costituirono i precedenti storici della camera degli atti, il primo archivio comunale.
La primitiva unità di concentrazione si spezzò dopo la metà del sec.XIII, quando il dualismo podestà-capitano determinò la contemporanea esistenza di due archivi, l'armarium comunis, che conservava i documenti giudiziari, finanziari e di politica estera el'armarium populi, ove erano raccolti i documenti relativi alle società d'arti e d'armi, alla giurisdizione del capitano ed i memoriali. Con il superamento della duplice organizzazione comunale anche i documenti ritrovarono una conservazione unitaria, per la quale si fissarono negli statuti le norme relative alla consegna delle scritture da parte dei pubblici ufficiali, alla loro inventariazione e pubblicità.
Dopo essere stati conservati per secoli nella camera degli atti, poi Archivio pubblico, tutti i documenti dell'antico comune bolognese furono acquisiti dall'Archivio di Stato di Bologna.
Nel primo riordinamento dei fondi concentrati nell'Archivio di Stato di Bologna all'atto della sua istituzione, Carlo Malagola, allora direttore dell'istituto, "applicando il metodo storico", suddivise la documentazione per uffici, operando tuttavia, secondo l'indicazione del Bonaini e nell'intento di offrire una visione immediata dei vari periodi della storia politica cittadina, una netta cesura tra i documenti pubblici precedenti l'anno 1512 ed i successivi. I primi costituirono l'archivio del comune e vennero ripartiti in tre sezioni: 'governo','giurisdizione del podestà' ed 'uffici subalterni'. La sezione 'governo' venne suddivisa a sua volta in tre parti:'consigli', 'anziani', 'riformatori dello stato di libertà e legato pontificio'; 'signoria dei Pepoli'; 'ufficio di compilazione e di correzione degli statuti'. La prima parte era ancora ripartita in: 'podestà e consigli', contenente soprattutto cartulari e raccolte di documenti; 'consiglio generale e speciale di credenza' con pochi registri della seconda metà del sec. XIII; 'consiglio del popolo e della massa' con le riformagioni e le provvigioni; 'riformatori dello stato di libertà e legato pontificio' contenente i registri dei partiti, dei mandati e degli atti degli anziani del sec. XV. Nella
seconda erano raccolti i provvedimenti legislativi degli anni 1337-50 e nella terza tutte le compilazioni
statutarie, attribuite tuttavia ad un ufficio che sicuramente non ebbe vita continua dal sec. XIII al XV". L'attività di ordinamento di questi fondi,
giudicata insoddisfacente dallo stesso Malagola, proseguì negli anni e sfociò in una relazione manoscritta
dell'archivista Tullio Fornioni databile intorno all'anno 1915. "Tutto il materiale documentario costituente il
fondo 'governo' venne suddiviso in questo modo:
sezione I-Reggimento politico
I categoria: 'Bolle e brevi pontifici e diplomi sovrani'.
II categoria: 'Trattati, convenzioni e contratti'. Accanto ad 8 buste di documenti sciolti furono qui collocati il
'Liber iuramentorum', i 'Registri Grosso' e 'Nuovo', i volumi 'Iurium et confinium', '+++', 'Diversorum +' ed i 2
registri relativi alla causa per i confini tra Bologna e Modena.
III categoria: 'Carteggi'. Categoria "creata si può dire ex nihilo" con documenti estratti dalla "miscellanea" e
da buste e volumi sciolti.
IV categoria: 'Ambasciatori, magistrati ed ufficiali del comune'. Documenti di varia provenienza concernenti
le magistrature comunali, i registri di statuti ed atti degli anziani consoli.
V categoria: 'Affari diversi'. Categoria composta dalle "carte che non potevano trovar posto nelle serie
precedenti".
VI categoria: 'Istrumenti e scritture pertinenti a governo'. Accanto a 3 buste, residuo della disciolta serie '+',
vennero qui poste le buste 'Feudi' e ' Cittadinanze'.
VII categoria: 'Consigli del popolo'. Documenti di elezioni ai consigli e nei consigli cittadini.
sezione II-Statuti
I categoria: 'Statuti del comune'.
sezione III-Riformagioni, provvigioni e decreti
I categoria: 'Atti legislativi' fino all'anno 1337.
II categoria: 'Atti legislativi e documenti' del periodo della signoria Pepoli dall'anno 1337 al 1350.
III categoria: 'Atti legislativi' dall'anno 1350 al 1512, tra cui i 'Libri Fantini' e 'Fantaccini'.
IV categoria: 'Atti legislativi' dei riformatori dello stato di libertà".
Durante questo riordinamento furono redatti regesti a schede per alcune serie.
Verso il 1932 l'ordinamento Fornioni fu nuovamente modificato e si crearono le 11 categorie costituenti
l'ordinamento attuale:
cat. I 'Privilegi'=Fornioni, sez. I, cat. I;
cat. II 'Diritti e oneri del comune'=Fornioni, sez. I, cat. II;
cat. III 'Statuti'=Fornioni, sez. II, cat. I;
cat. IV 'Consigli ed ufficiali del comune'=Fornioni, sez. I, catt. IV, VII e V;
cat. V 'Riformagioni e provvigioni'=Fornioni, sez. III, cat. I;
cat. VI 'Signoria Pepoli'=Fornioni, sez. III, cat. II;
cat. VII 'Signorie viscontea, ecclesiastica e bentivolesca'=Fornioni, sez. III, catt. III e IV;
cat. VIII 'Anziani consoli'=Fornioni, sez. I, cat. IV;
cat. IX 'Riformatori dello stato di libertà'=Fornioni, sez. III, cat. IV;
cat. X 'Carteggi'=Fornioni, sez. I, catt. III e V;
cat. XI 'Feudi e cittadinanze'=Fornioni, sez. I, cat. VI.
(da G. Tamba, I documenti del governo del Comune bolognese, pp. 27-29).

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Il fondo raccoglie gli atti delle magistrature che nei vari periodi si posero quali organi direttivi del comune bolognese, i documenti di carattere legislativo e quelli relativi ai diritti delle città. Tali documenti furono raccolti, in modo arbitrario e con criteri spesso artificiosi, tra la fine del sec.XIX e l'inizio del XX, in un apposito fondo recante il titolo di «governo». La complessiva documentazione venne suddivisa in tre «sezioni» e dodici «categorie» e quindi negli attuali undici gruppi, modificando alcune strutture archivistiche originarie. Per gli atti fino all'anno 1454 esistono regesti sufficientemente attendibili.

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