Per un primo periodo che va dal 1859 al 1887 l'archivio generale risulta ordinato cronologicamente per singoli anni, all'interno dei quali la documentazione è organizzata sulla base di un titolario costituito da ventisei voci principali (la cui denominazione non è sempre nota) e articolato su due livelli.
La circolare della Direzione generale di pubblica sicurezza del Ministero dell'interno del 16 settembre 1887, n. 9048 relativa agli archivi dei servizi di pubblica sicurezza introdusse un nuovo titolario. Questo secondo piano di classificazione appare, rispetto al precedente, ridotto (sole venti voci principali) e semplificato (un solo livello), ma significativamente arricchito di una categoria prima non compresa, quella relativa alle statistiche. Inoltre, fuori dalle partizioni individuate, l'inventario dell'archivio generale registra la presenza di un consistente "casellario generale", descritto in coda alla documentazione classificata e dedicato alla raccolta sistematica di informazioni su tutti coloro i quali fossero entrati in rapporto con gli uffici di pubblici sicurezza.
Dal 1888 e fino al 1899 le carte, classificate sulla base delle materie comprese nel nuovo titolario, non sono più suddivise per singolo anno ma aggregate in fascc. che coprono l'interno arco cronologico 1888-1899.
Infine, dal 1900 e fino al 1903 la suddivisione torna a essere per singolo anno, organizzata sempre sulla base del titolario adottato nel decennio precedente.
Un nuovo titolario di classificazione degli atti degli archivi di pubblica sicurezza fu stabilito con le istruzioni ministeriali del 1° giugno 1903 n. 9048-1. Sfortunatamente l'Archivio di Stato di Bologna non ha finora ricevuto il versamento della documentazione relativa al periodo successivo.
