Dopo la caduta del governo pontificio a Bologna il 12 giugno 1859, la magistratura comunale, che nel vuoto di potere causato dal ritiro del legato aveva preso repentinamente nelle proprie mani la gestione della cosa pubblica, elesse una Giunta provvisoria di governo; lo stesso giorno quest'ultima si rivolse a sua volta ai cittadini con un proclama nel quale faceva genericamente richiamo al mandato conferitole di «provvedere alle necessità del Paese».
Per meglio adempiere a questo compito la Giunta istituì sezioni di governo specificamente dedicate alle finanze, alla pubblica istruzione, alla guerra e all'interno.
Di quest'ultima sezione fu nominato gerente (in seguito ministro) Antonio Montanari, al quale fu affiancato, a partire dal 19 luglio 1859, un segretario generale nella persona di Filippo Curletti, destinato a Bologna dal commissario straordinario militare per le Romagne Massimo D'Azeglio fin dal giugno di quell'anno perché prendesse cognizione del territorio, ne individuasse le tendenze e ne studiasse i costumi e i bisogni.
Curletti predispose un primo "Regolamento provvisorio sulla pubblica sicurezza", che, passato al vaglio di una commissione di giureconsulti, fu emanato il 15 ottobre 1859 durante il mandato del governatore generale delle Romagne Leonetto Cipriani.
L'art. 3 del regolamento faceva riferimento all'istituzione di "direzioni di sicurezza pubblica" dislocate nei capoluoghi delle quattro cessate legazioni (Bologna, Ferrara, Forlì e Ravenna). A ciascuna direzione venivano assegnati "assessori politici" incaricati di "giudicare delle contravvenzioni", contro le cui decisioni veniva ammesso reclamo al Consiglio di intendenza.
Era quest'ultimo un organo composto di cinque membri incaricato di affiancare l'intendente generale, erede delle attribuzioni della cessata Legazione apostolica. Le direzioni di sicurezza pubblica venivano dunque subordinate alle intendenze, riproponendo così un rapporto di forze già sperimentato nel precedente ordinamento pontificio, durante il quale avevano funzionato ispettorati e direzioni di polizia.
Prima comunque dell'emanazione del regolamento, fin dal luglio 1859, a Bologna un primo direttore di polizia era già stato individuato nella persona di Ulisse Bandera.
Nel suo rapporto preliminare al regolamento, il ministro dell'Interno Montanari preannunciava infine una nuova legge generale sulla sicurezza pubblica della quale avrebbero dovuto profittare anche le Romagne dopo l'annessione.
Difatti con decreto dell'8 gennaio 1860 del governatore delle Regie provincie dell'Emilia Luigi Carlo Farini, fu estesa alle province parmensi e romagnole, con decorrenza dall'1 maggio 1860, la legge di pubblica sicurezza del Regno di Sardegna del 13 novembre 1859, n. 3720 «cessando allora tutte le leggi e i regolamenti di polizia presentemente conservati».
A Bologna la formale istituzione della moderna Questura va dunque fissata all'1 maggio 1860. Di conseguenza, mentre per la documentazione compresa tra giugno 1859 e maggio 1860 è necessario individuare il soggetto produttore nella "Direzione provinciale di pubblica sicurezza", dal maggio 1860 si può fissare l'inizio della documentazione propriamente detta della "Questura". La stessa organizzazione interna della documentazione testimonia di questa soluzione di continuità, laddove ad esempio la numerazione progressiva dei fascc. prodotti dall'ufficio di gabinetto nel 1860 si interrompe a metà anno al n. 427 per riprendere immediatamente dopo dal n. 1, e la numerazione di protocollo si ferma al 18 maggio col n. 429 per riprendere dal n. 1 il successivo 25 maggio.
Giova inoltre ricordare che nel regno sabaudo un'amministrazione di sicurezza pubblica era già stata creata sotto Carlo Alberto, il quale con legge 30 settembre 1848, n. 798, l'aveva posta alle dipendenze del ministro segretario di Stato per gli Affari interni e affidata in ogni divisione amministrativa all'intendente generale, in ciascuna provincia all'intendente, nei mandamenti ai delegati e nei comuni ai sindaci. Nelle città capoluogo di divisione la sicurezza pubblica era stata delegata, sotto l'immediata dipendenza dell'intendente generale, a un questore, la cui giurisdizione era estesa a tutta la provincia, coadiuvato da assessori (parificati ai consiglieri d'intendenza) e assistito da "apparitori di pubblica sicurezza" (art. 2). Tra i primi doveri dell'amministrazione era il «vegliare incessantemente alla conservazione dell'ordine pubblico e nel disciogliere i tumultuosi assembramenti che possono turbarlo» (art. 13, c. 2).
Sotto il successore Vittorio Emanuele II, una nuova legge di pubblica sicurezza, la n. 1404 dell'11 luglio 1852, provvide a sopprimere le questure nei capoluoghi di divisione (mantenendo solo tali uffici nelle città di Torino e Genova) e ad attribuirne le funzioni a delegati stabiliti in ogni capoluogo di divisione e provincia. Agli apparitori sostituì, inoltre, un corpo di guardie di pubblica sicurezza, a ordinamento militare e alle dirette dipendenze del Ministero dell'interno.
La già citata legge di pubblica sicurezza del 13 novembre 1859, n. 3720, che istituiva uffici di questura nei capoluoghi con più di 60 mila abitanti, fu aggiornata con la legge 20 marzo 1865, n. 2248 per l'unificazione amministrativa del Regno d'Italia (allegato B, legge sulla sicurezza pubblica), che estendeva al nuovo stato unitario la normativa vigente presso il Regno di Sardegna. La legge del 1865 confermò il disposto della legislazione previgente: l'amministrazione della pubblica sicurezza che a livello centrale era dipendente dal Ministero dell'interno, era retta, a livello periferico, dai prefetti e dai sottoprefetti, che avevano potere, rispettivamente, nelle province e nei circondari. Il questore si occupava invece dei servizi di polizia. Nelle città con popolazione superiore a 60 mila abitanti fu prevista l'istituzione degli uffici di questura: in questi casi il questore, pur dipendendo sempre dal prefetto, aveva nel circondario di sua competenza i poteri del sottoprefetto. Sotto la denominazione di "agenti di pubblica sicurezza" furono infine ricompresi i carabinieri reali, le guardie di pubblica sicurezza, le guardie forestali, municipali o campestri.
La legge 21 dicembre 1890, n. 7321 provvide a regolare il servizio e le attribuzioni per gli ufficiali e agenti di pubblica sicurezza, stabilendo che in ogni capoluogo di provincia venisse istituito un ufficio provinciale di pubblica sicurezza alle dipendenze del prefetto. In ogni capoluogo di circondario, parallelamente, venne creato un ufficio circondariale di pubblica sicurezza alle dipendenze del sottoprefetto. Nelle città capoluogo di provincia con più di 100 mila abitanti, all'ufficio provinciale poteva essere preposto un questore, che rimaneva comunque uno dei collaboratori del prefetto in materia di pubblica sicurezza. La legge trasformò inoltre le guardie di pubblica sicurezza, il cui ordinamento risaliva al 1852, nel corpo delle guardie di città, con lo scopo di differenziarne progressivamente le attribuzioni rispetto all'arma dei carabinieri.
Con r.d. 21 agosto 1901, n. 409 venne varato un testo unico che raccolse le disposizioni precedenti e definì, semplificandolo, l'assetto organizzativo dell'amministrazione della pubblica sicurezza a livello periferico: nelle province con sede di questura questa era contemporaneamente ufficio circondariale e provinciale di pubblica sicurezza; nelle altre province il prefetto provvedeva direttamente agli affari di pubblica sicurezza.
Con r.d. 31 agosto 1907, n. 690 venne approvato un nuovo testo unico della legge sugli ufficiali e gli agenti di pubblica sicurezza, che ribadì l'appartenenza degli uffici provinciali e circondariali di pubblica sicurezza alla prefettura e alla sottoprefettura; gli ufficiali di pubblica sicurezza preposti a dirigere il servizio di polizia dovevano farlo sotto la dipendenza dell'autorità politica.
Nel 1925 una serie di decreti estese le prerogative degli inquirenti: dal r.d. 2 aprile 1925, n. 382, istitutivo del corpo degli agenti di pubblica sicurezza, attraverso il distacco dall'Arma dei carabinieri, nel luglio di quell'anno, dei membri del ruolo specializzato, al r.d. 21 giugno 1925, n. 987, sul servizio di vigilanza e censura dei telefoni ai fini della sicurezza dello Stato, alle dipendenze del Ministero dell'interno.
Importanti innovazioni furono introdotte anche dal r.d.l. 14 aprile 1927, n. 593, che, a seguito della soppressione delle sottoprefetture (avvenuta con r.d.l. 2 gennaio 1927, n. 1), riformò l'ordinamento delle autorità di pubblica sicurezza eliminando quella circondariale.
In base al nuovo ordinamento nella provincia furono mantenute, dunque, due sole autorità di pubblica sicurezza: il prefetto, con un ruolo eminentemente politico, e il questore, quale braccio operativo, che acquisì definitivamente il rango provinciale che fino ad allora costituiva l'eccezione, essendo limitato ai centri di maggiore importanza.
Il regolamento attuativo del r.d. 18 giugno 1931, n. 773 recante il testo unico delle leggi di pubblica sicurezza, provvide a esplicitare che "il Questore ha, alla dipendenza del Prefetto, la direzione tecnica di tutti i servizi di polizia e d'ordine pubblico nella provincia" (art. 3).
Il testo unico del 1931 rimase in vigore, sebbene molte sue parti fossero state abrogate o modificate, ben oltre la fine del regime fascista e l'inizio del periodo repubblicano: bisogna, infatti, attendere la legge 1 aprile 1981, n. 121 per avere un nuovo ordinamento dell'amministrazione della pubblica sicurezza: l'attuale normativa attribuisce al questore una posizione di autonomia rispetto al prefetto, conferendogli la qualifica di autorità provinciale di pubblica sicurezza e dunque un ruolo autonomo con specifiche competenze e responsabilità. Tra le competenze la più rilevante è quella di dirigere e coordinare a livello tecnico-operativo i servizi di ordine e sicurezza pubblica. Al prefetto resta la responsabilità generale dell'ordine e della sicurezza pubblica sotto il profilo politico-amministrativo.
Alla Questura di Bologna hanno in passato fatto capo la Delegazione, poi Ufficio di pubblica sicurezza di Imola e l'Ufficio di pubblica sicurezza di San Giovanni in Persiceto, dislocati nel territorio provinciale; mentre all'interno dello spazio urbano dipendevano dalla Questura il Commissariato di pubblica sicurezza di Bologna ponente, l'Ufficio di pubblica sicurezza di Alemanni, la Delegazione di pubblica sicurezza di San Giuseppe, nonché il Comando delle guardie di pubblica sicurezza.
Oggi fanno capo alla Questura di Bologna i commissariati di Imola e San Giovanni in Persiceto nella provincia, e i commissariati Due Torri-San Francesco, Santa Viola e Bolognina-Pontevecchio in città.
La Questura ebbe la sua prima sede entro i locali di Palazzo d'Accursio in piazza Maggiore; poi nel cinquecentesco Palazzo Caprara in piazza Roosvelt, acquistato dallo Stato nel 1927 per farne la sede degli uffici governativi; infine, a partire dal 1936, nel nuovo monumentale edificio appositamente costruito tra il 1930 e il 1934 su progetto di Adriano Marabini lungo il fronte orientale di Palazzo Caprara prospicente l'attuale piazza Galilei.
