La documentazione conservata dal Pepoli nelle buste intestate al "Commissariato dell'Umbria" risulta costituita da due distinti spezzoni di archivi pubblici: 1) il fondo del Commissariato generale straordinario nelle provincie dell'Umbria, ed 2) il fondo del Commissariato straordinario per la provincia di Viterbo. In conseguenza, dunque, dell'incarico di commissario generale straordinario che il Pepoli ricoprì dal settembre al dicembre 1860 alcuni frammenti di questi archivi pubblici sono confluiti nel suo fondo personale. Più nello specifico, il fondo del Commissariato generale straordinario contiene sia documentazione relativa al Gabinetto particolare del commissario, che reca le tracce della registrazione in un protocollo particolare riservato, e si presenta ben organizzata in diversi fascicoli, individuati da numeri progressivi (arabi o romani) intestati ai singoli corrispondenti (quasi sul modello di un archivio privato), che documentazione inerente l'archivio generale del Commissariato, che presenta invece un'organizzazione improntata ad un rudimentale piano di classificazione articolato su due livelli, "riparti" (ad es. "Carceri"), e "posizioni" (corrispondenti più o meno alle singole unità archivistica).

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