L'originario sistema di archiviazione degli atti dell'archivio di Gabinetto della Questura di Bologna prevedeva per il periodo 1859-1874 un ordinamento cronologico per anno e una suddivisione in fascc., numerati progressivamente all'interno di ogni anno. Ciascun fasc. riuniva le carte relative a uno stesso oggetto e quindi corrispondeva a un affare ben determinato consumato nell'anno in questione. È però frequente che all'interno del fasc. si riscontri la presenza di documentazione di anni diversi da quello in cui la pratica era stata aperta, per un principio di naturale sedimentazione di carte relative allo stesso oggetto: prassi comune questa in un archivio non strutturato sulla base di un piano di classificazione, che in tal caso riproporrebbe la stessa rubrica o classe anche per gli anni successivi, e dove, dunque, non sarebbe raro trovare il medesimo affare/oggetto distribuito su più fascc. annuali classificati in ugual modo.
Nel solo anno 1875 i fascc. del Gabinetto risultano classificati con lettere dell'alfabeto, mentre dal 1876 al 1888 il materiale è archiviato secondo le stesse modalità del periodo 1859-1874, ossia per fascc. numerati progressivamente, all'interno dei quali però la documentazione non fa più riferimento a un singolo anno, ma a un arco cronologico ben più ampio: si riscontrano così unità archivistiche che abbracciano l'intero intervallo 1876-1888 o sezioni di questo.
La già citata circolare della Direzione generale di pubblica sicurezza del Ministero dell'interno del 16 settembre 1887, n. 9048 relativa agli archivi dei servizi di pubblica sicurezza intervenne a introdurre un nuovo titolario per gli archivi generali delle questure, e verosimilmente a sollecitare l'adozione di nuove prassi organizzativa anche per gli archivi di gabinetto. Fu così che la Questura di Bologna elaborò un inedito piano di classificazione per gli atti di Gabinetto che regolò l'organizzazione della documentazione prodotta nel rimanente decennio 1889-1899.
Il piano fu articolato in dieci categorie individuate da un numero e da una denominazione (l'ottava non si è conservata):
- 1 funzionari di pubblica sicurezza;
- 2 uscieri;
- 3 agenti di pubblica sicurezza;
- 4 aspiranti agenti di pubblica sicurezza;
- 5 locali e casermaggio;
- 6 spirito pubblico;
- 7 ordine pubblico;
- 9 informazioni;
- 10 spese e contabilità.
La documentazione, individuata dalla categoria, è ordinata sempre cronologicamente per lo più per singoli anni. La documentazione prodotta successivamente al 1899 non è stata ancora versata all'Archivio di Stato di Bologna: gli atti di Gabinetto coprono dunque un arco cronologico che va dal 1859 al 1899.
