La documentazione conservata dal Pepoli nelle buste intestate al Governo delle Romagne risulta essere di duplice natura. Da un lato, infatti, essa consta di una piccola raccolta di varia documentazione non ufficiale relativa in parte agli affari esteri ed in parte alla gestione delle finanze, essendo il Pepoli titolare anche di quest'ulteriore portafogli (per la descrizione di questa documentazione si veda "Carte politiche, Governo provvisorio delle Romagne"), mentre per la maggior parte risulta costituita dal fondo della Sezione, poi ministero, degli affari esteri del Governo provvisorio delle Romagne, quindi da un archivio pubblico confluito nel fondo personale del Pepoli in conseguenza del ruolo di gerente la Sezione, poi di ministro responsabile del dicastero da questi rivestito.
Sebbene, poi, la storiografia abbia da sempre asserito che solo a partire dal governatorato Cipriani (10 settembre 1859) si possa parlare di un vero e proprio Ministero degli esteri del Governo provvisorio delle Romagne, affidato al Pepoli, e che di affari esteri si occupasse antecedentemente a tale data esclusivamente il Gabinetto del governatore, la documentazione conservata dal Pepoli ci consente di individuare l'esistenza di una Sezione degli affari esteri della Giunta provvisoria già a partire dal giugno 1859.
A figurare quali incaricati della Sezione sono il Pepoli, gerente delle Finanze, e, molto più spesso, Antonio Montanari, gerente degli Affari interni e pubblica sicurezza; la denominazione con la quale compaiono di volta in volta gli incaricati varia da "delegato speciale alla sezione dell'estero", fino a "gerente la sezione degli affari esteri". La sezione è organizzata al suo interno in una segreteria generale (almeno dal 2 luglio) e conta numerosi "impiegati provvisori"; per la loro remunerazione, oltre che per i rimborsi delle missioni di governo e per le spese ordinarie, risulta assegnato alla sezione un fondo di tre mila scudi.
A partire poi dal 10 settembre 1859, a seguito della ratifica, da parte dell'Assemblea nazionale delle Romagne, della nomina a governatore generale di Leonetto Cipriani, i gerenti in carica assunsero il titolo di ministri responsabili, ed, individuato tra i dicasteri quello degli Affari esteri, ne fu assegnato stabilmente il portafoglio al Pepoli. Infine il 9 novembre 1859, con proclama del nuovo governatore generale Luigi Carlo Farini, il Ministero degli affari esteri fu soppresso insieme a quello della Guerra.
L'archivio pubblico della Sezione, poi ministero, degli affari esteri del Governo provvisorio delle Romagne pare dunque essere confluito tra le carte private del Pepoli.
