Fu istituita, come negli altri dipartimenti della repubblica italiana, con decreto 6 mag. 1802 (cfr. Bollettino delle leggi della repubblica italiana, Milano, Veladini, 1802, p. 68) subentrando al commissario di governo (vd. cod. 1080.002). Composizione e competenze dell'ufficio furono precisate in seguito alla legge 24 lug. 1802 (cfr. Bollettino delle leggi cit., p. 185). In base a questo provvedimento in ogni dipartimento esistevano una prefettura, un'amministrazione dipartimentale (vd. cod. 1080.001)e un consiglio generale (vd. cod. 1080.003). L'ufficio di prefettura a sua volta era formato da prefetto, da due luogotenenti che costituivano il consiglio di prefettura e dal segretario generale. Al prefetto, in quanto rappresentante del governo, spettavano il controllo sulla polizia e sulle autorità dipartimentali e comunali, come pure la supervisione su spese e consuntivi e la predisposizione dei bilanci preventivi. I due luogotenenti sovrintendevano rispettivamente agli affari amministrativi e giudiziari (vd. Commissario presso i tribunali del dipartimento del Reno, cod. 1310 e cod. 1080.002.005), mentre il segretario generale era incaricato della tenuta di tutti gli atti della prefettura. In base al nuovo regolamento previsto dal decreto 8 giu. 1805 (cfr. Bollettino delle leggi del regno d'Italia, Milano, Veladini, 1805, p. I, p. 141) veniva accentrato ulteriormente il potere nelle mani del prefetto, con l'abolizione dell'amministrazione dipartimentale e il ridimensionamento del consiglio generale. Per quanto riguarda invece il consiglio di prefettura, le disposizioni del 1805 ne modificarono sostanzialmente la composizione e le competenze, divenendo organo giurisdizionale in materia fiscale e amministrativa.

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Il fondo comprende, oltre alle serie di Atti riservati e Affari di polizia e di Atti generali con i relativi protocolli, anche documentazione frammentaria del consiglio di prefettura e del consiglio generale dipartimentale. Per quanto riguarda il primo essa è raccolta in una sola busta (cod. 1100.004). Invece per il secondo la documentazione, peraltro assai scarsa, è compresa nel tit. XV-rub. 13 della serie Atti generali (cod. 1100.005). Per gli anni 1802-1803 altra documentazione del prefetto si trova unita al carteggio del commissario di governo (vd. cod. 1080.002.003).

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