Diffusasi in città la notizia del ritiro degli austriaci (59), tra il 26 e il 31 agosto il marchese Gioacchino si trovò coinvolto in quelle che la storiografia ha definito le “sedizioni militari”, fomentate dagli esponenti del partito democratico Agamennone Zappoli, Livio Zambeccari, Angelo Masina e Callimaco Zambianchi: la sera del 31 agosto, infatti, la Guardia civica comandata dal Pepoli offrì appoggio al prolegato contro il tentativo di «nominare, col consenso e l’approvazione del popolo un Comitato o governo militare  che tenesse le veci per ora di un Governo provvisorio», un esperimento insurrezionale o rivoluzionario, un tentativo di colpo di Stato, appoggiato da circa cento uomini armati del battaglione Zambeccari che non ebbe però seguito popolare.

Il 2 settembre 1848 fu inviato a Bologna Luigi Carlo Farini quale rappresentante del Consiglio dei ministri in appoggio al cardinale Luigi Amat (60), nominato il successivo 3 settembre commissario straordinario per le quattro Legazioni. Questi invitò il Pepoli a partecipare ai lavori di una commissione costituita il 5 settembre con l’incarico di presentare un progetto di riordinamento della polizia.
Quale colonnello il Pepoli orientò il proprio operato verso il generale riassetto dalla Guardia civica, l’organizzazione e l’ordinamento della Riserva (61), chiamata nello specifico a montare la guardia alle porte della città insieme ai volontari, l’acquisto di fucili per l’armamento della Guardia (62), senza trascurare iniziative “popolari” quali ad esempio la promozione di lapidi marmoree in ogni quartiere a ricordo dei caduti della battaglia dell’8 agosto.

Del 17 settembre è l’ordine del giorno col quale il colonnello Pepoli sciolse le formazioni di volontari costituenti la Riserva della Guardia civica, salvo però, con un nuovo foglio del 21 successivo, invitare civici, soldati regolari di linea e popolani volontari a costituire pattuglie cittadine che perlustrassero il centro abitato con funzioni di ordine pubblico. Grande clamore suscitò in quei giorni il tentato omicidio del segretario generale della Guardia civica Carlo Rusconi. Pepoli - come egli stesso scrisse - «sdegnato del contegno dubbio dell’autorità, diede la sua dimissione da colonnello della guardia civica, dichiarando che egli non voleva più oltre servire il governo dei preti» (63).
Numerosi furono in quei mesi gli attestati di riconoscimento e incoraggiamento per il suo infaticabile operato, pervenutigli da amici di lunga data, quali il precettore Paolo Venturini («lodo il vostro coraggio e l’amor patrio che vi sostiene», 64), o da esponenti della classe politica, quali il deputato Carlo Bevilacqua («che bel lampo di gloria è stato il fatto dei bolognesi nel momento che l’orizzonte italiano diveniva sì nuvoloso», 65) e il ministro Antonio Montanari («apprezzo sommamente le cure, ed i fastidi che avete sostenuto in tempi difficilissimi», 66).

Tra mercoledì 1 e giovedì 2 novembre il marchese Gioacchino, in qualità di redattore, pubblicò sulla «Gazzetta di Bologna» (67) un avviso relativo all’imminente uscita di un foglio periodico da intitolarsi «Il Nazionale», la cui “divisa” sarebbe stata «Indipendenza della Nazione, Libertà interna, Prosperità e ben essere di tutte le classi. Egli saprà non adulare né Popolo, né Governo: e saprà essere indipendente per essere imparziale». Sfortunatamente il quotidiano non riuscì a raccogliere un sufficiente numero di soci (l’abbonamento, per la cronaca, ammontava a cinque paoli mensili) e la pubblicazione rimase opera incompiuta.

Documenti
59. «Gazzetta di Bologna», 10 ago. 1848
60. Ritratto di Luigi Amat (BCA, collezione dei ritratti, A/2, cart. 89, n. 1)
61. Luigi Amat di San Filippo e Sorso a Gioacchino Napoleone Pepoli, Bologna, 6 ott. 1848 (G. N. Pepoli, Carteggio, Ecclesiastici, 2. Amat Luigi)
62. “Nota dei fucili acquistati da me Francesco Aria per ordine del signor marchese Gioacchino Pepoli facente funzione di colonnello della Civica di Bologna”, s.l., 5 ott. 1848 (G. N. Pepoli, Carte politiche, 1848, 3. Guardia civica)
63. Luigi Amat di San Filippo e Sorso a Gioacchino Napoleone Pepoli, Bologna, 6 ott. 1848 (G. N. Pepoli, Carteggio, Ecclesiastici, 2. Amat Luigi)
64. Paolo Venturini a Gioacchino Napoleone Pepoli, s.l., 16 ago. 1848 (G. N. Pepoli, Carteggio, Letterati italiani, 38. Venturini Paolo)
65. Carlo Bevilacqua a Gioacchino Napoleone Pepoli, Roma, 16 ago. 1848 (G. N. Pepoli, Carteggio, Uomini politici, 165. Bevilacqua Carlo)
66. Antonio Montanari a Gioacchino Napoleone Pepoli, Roma, 16 ott. 1848 (G. N. Pepoli, Carteggio, Scienziati, 29. Montanari Antonio)
67. «Gazzetta di Bologna», 1° nov. 1848